«Мы думали, ‘разрешите нам другую практику’», говорит Ван, кроме этого адъюнкт-доктор наук в Отделе Медицинской школы МЕДИ Иммунологии & Микробиологии.Для «практики» бумага co-first создатель, Кэтрин Гоуон, загрузила новую мышь геномные эти из сайта Университета Wellcome Trust Sanger за пределами Кембриджа в Англии, одном из ведущих в мире университетов генетического изучения. Гоуон – исследователь с группой Кеннета Джонса, доктора философии, соруководителя Биоинформатики Онкологического центра МЕДИ Неспециализированный Ресурс.
«В то время, когда мы нанесли на карту геном этого конкретного напряжения мыши против справочного генома мыши, изданного Национальным Центром информации о Биотехнологии, мы нашли тысячи перемещений, еще больше, чем отечественная экспериментальная модель!» Ван говорит.Проблемой не была их экспериментальная мышь.
Проблемой не было уровень качества их данных, ни вычислительного метода, они раньше обнаруживали перемещения. Неприятность, как сообщается в статье в издании BMC Genomics, пребывала в том, что справочные геномы отличаются для разных напряжений мыши. Не у всех мышей имеется те же самые последовательности ДНК в тех же самых расположениях на их хромосомах – из-за данной наследственной изменчивости, последовательности ДНК одного напряжения мыши смогут казаться неуместными при сравнении с последовательностями ДНК любого другого напряжения мыши.Цель этого изучения была в том, чтобы найти новые перемещения, каковые имели возможность вести лимфому.
Эти перемещения – случайные генетические перестановки, в которых ген отрезан от одного расположения и приклеен в другого, время от времени создавая «ген сплава», сделанный от обоих – были вовлечены в диапазон раковых образований, к примеру хорошего рака легких, что ведет перемещение гена ALK, что плавит с геном EML4. Вопрос пребывал в том, имело возможность ли бы подобное перемещение быть виновато в подмножестве лимфом.
«К сожалению, в то время, когда у нас имеется столько событий, экспонаты смогут замаскировать отечественные настоящие события», говорит Ван, подразумевая, что с тысячами перемещений, определенных упорядочиванием нового поколения, было практически нереально найти «иглу» возможно опухолеродного перемещения в условиях «стога сена» определенных перемещений, каковые были, в действительности, лишь неважными, случайными различиями между отдельными геномами мыши.«Тогда мы начали думать обо всех они человеческий рак геномные изучения», говорит Ван. «Люди применяют все эти упорядочивающие эти, дабы продемонстрировать геномные трансформации в человеческих раковых образованиях, но что, в случае если у этих изучений имеется подобные неприятности сравнения?»Во-первых, Ван показывает, эта вероятная ловушка не серьёзна, разбирая рак больного для любого известного генетического трансформации. В прошлом примере рака легких может сообщить геномное тестирование (довольно часто применяющий способ флуоресцентной гибридизации на месте либо РЫБЫ), делают ли хромосомы клетки либо не содержат ген сплава-EML4.
Но как раз, ища серьёзные различия между человеческой здоровой клеткой и раковой клеткой человека генетические фоны этих клеток смогут исказить результаты – из-за генных полиморфизмов и хаотичности повторений и второй непредсказуемой наследственной изменчивости, различия между злокачественным и здоровой клеткой смогут быть случайными а не к влиянию рака по большому счету.Часть неприятности – маленькой размер генетических «надрезов», применяемых сегодняшней упорядочивающей разработкой нового поколения. В «seq нового поколения» машина просматривает испытательный геном как многие надрезы, любой составленный из 100 – 150 пар оснований.
Тогда эксперт в области вычислительной биологии соответствует этим надрезам как части загадки против справочного генома. То, в то время, когда имеется матч, совокупность кладет на место часть и так, по причине того, что это знает состав справочного генома, может определить состав испытательного генома. К сожалению, с 3 миллиардами пар оснований в геноме человека, возможно большое количество фальшивых матчей, в случае если кратко, 100 надрезов пары оснований.
Разработка находится на методе решить эту проблему, упорядочивая геном в намного более долгих надрезах (1,000 либо больше пар оснований).До тех пор Ван предлагает вероятную фиксацию: «Мы предлагаем разглядеть не отображение Ваших данных к справочному геному, но к геному некоей клетки из того же самого источника, у которого нет рака».
Бумага именует данный процесс «de novo собрание» – по большей части, вместо того, дабы сравнить злокачественное яблоко со здоровым апельсином, это сравнивает злокачественное яблоко со здоровым яблоком.«Люди должны быть своим собственным контролем.
Вместо того, дабы трудиться с изданным, универсальным справочным геномом, мы должны трудиться с двумя примерами (контроль против рака) от того же самого человека», говорит Ван. «Лишь тогда имеете возможность Вы вправду выяснять то, что длится в Вашем геноме раковой клетки».