После проникновения в геном инфицированной клетки часть вирусов становится неактивной и ускользает от обнаружения нашей иммунной системой. Они избегают лечения, но остаются угрозой для пациента, потому что в более позднее время они спонтанно пробуждаются и возобновляют цикл заражения. Многие современные методы лечения и доступные лекарства пытаются реактивировать латентный ВИЧ в надежде очистить популяцию от латентных вирусов.
К сожалению, ни один из предложенных методов лечения не оказался эффективным для лечения инфицированных пациентов. Чужеродная ДНК заглушается в геноме человека хроматином хозяина, который представляет собой комплекс ДНК и белков, обертывающих и конденсирующих ДНК с образованием хромосом.
Замалчивание хроматина опосредуется несколькими механизмами, и теперь группа исследователей во главе с Гийомом Филионом, руководителем группы лаборатории архитектуры генома в CRG, разработала технологию, направленную на обнаружение роли подавления хроматина в ответе латентного ВИЧ на вирус. доступные в настоящее время препараты.
Как сообщается в Nature Structural and Molecular Biology, они разработали технологию под названием B-HIVE, которая позволила им сопоставить вставки ВИЧ в геноме человека, а также измерить уровни их экспрессии. "Мы закодировали популяцию вирусов с помощью генетического идентификатора. С помощью штрих-кодов мы смогли связать отдельный вирус с его хромосомной локализацией », – объясняет Филион, ведущий автор этого исследования. Генетическое штрих-кодирование работает так же, как штрих-коды продуктов питания в супермаркетах: после того, как все товары промаркированы, каждый отдельный товар можно идентифицировать по его конкретному коду. «Кроме того, мы смогли измерить уровни их экспрессии и показали, что реакция ВИЧ на терапию реактивацией частично зависит от сайта интеграции в геноме человека.
Впервые это показывает практическую значимость хроматинового контекста в борьбе с ВИЧ », – заявляет исследователь.
С помощью этой новой технологии исследователи смогли показать, что разные препараты для реактивации ВИЧ реактивируют ВИЧ из разных участков хромосомы. Другими словами, эти препараты более избирательны, чем считалось ранее. «Имея этот метод в руках, мы теперь можем искать лучшую комбинацию лекарств, которая может реактивировать все латентные вирусы, которые до сих пор скрывались от антиретровирусных препаратов, используемых сегодня, и сделать их уязвимыми для уничтожения. Наше исследование предлагает направить будущие исследования на разработку лекарств с дополнительными мишенями ", – говорит Хенг-Чанг Чен, исследователь CRG и первый автор исследования. «Это большой шаг вперед, который определенно ускорит исследования по лечению ВИЧ, а также наше понимание скрытого состояния ВИЧ, называемого латентным периодом», – с энтузиазмом добавляет Андреас Мейерханс, исследователь ВИЧ, соавтор этой статьи, и профессор исследований ICREA в UPF.
Новые полногеномные карты экспрессии ВИЧ решают фундаментальный вопрос, который до сих пор остается нерешенным, и дают представление об основных принципах регуляции генов. Это будет полезный ресурс для аналитиков данных, интересующихся клиническими приложениями.
Хотя кажется, что исследователи ждут впереди захватывающие времена, обществу следует надеяться, что позже это принесет пользу сообществу ВИЧ-инфицированных.