Целью более чем двухлетних исследований является понимание на геномном уровне различий между этими грибами. «Если экспрессируемые гены идентифицированы у одного гриба, но не у другого, они служат маркерами, которые позволят применить соответствующую обработку к этим культурам», – говорит д-р. Эльза Гонгора Кастильо, биотехнолог растений, работающая в Университете штата Северная Каролина.
Там она занимается компьютерным анализом для изучения идентификации грибов, которые влияют на семейство растений Cucurbitaceae (огурцы, тыква, дыня, арбуз), чтобы понять их.
«Это немного похоже на болезнь человека, но в отношении растений понимание возбудителя и его взаимодействия с растением позволяет разработать функциональное лекарство от пораженных растений», – подчеркивает специалист по геномике растений.
Исследователь объясняет, что она стремится определить альтернативные системы, помимо обычных фунгицидов, для применения в огурцах, тыкве, дыне и арбузе.
Поражение этих растений ложной мучнистой росой вызвано грибковой инфекцией; поэтому исследование направлено на анализ их различий. Во-первых, образцы листьев этих растений собирают для культур in vitro для выделения грибов; затем ДНК и РНК грибов извлекаются, чтобы секвенировать их, и с помощью биоинформатического анализа исследователь может определить экспрессию, наличие или отсутствие генов в геномах видов по отношению друг к другу.
"А вот и мой компьютерный анализ. С помощью последовательностей патогенов я идентифицирую гены и уровень их экспрессии; Другими словами, чтобы изучить гены, я сравниваю два из них, в данном случае гены «Pseudoperonospora cubensis» против «Pseudoperonospora humuli», я вижу, сколько последовательностей существует для данного гена P. cubensis и сколько их для того же гена P . хумули; если есть разница в количестве последовательностей, мы говорим, что этот ген экспрессируется или репрессируется; или присутствует ли ген в геноме или нет », – пояснил доктор Гонгора.
В настоящее время лабораторные результаты, полученные с помощью компьютерного анализа, подтверждаются, и исследовательская группа стремится принести пользу американским фермерам и их урожаям. Этот анализ поможет в создании моделей исследования, с помощью которых можно понять другие крупномасштабные явления.
"Наша модель может быть воспроизведена в другом месте, например в Мексике. Но я думаю, что нужны большие инвестиции в науку, чтобы привлечь внимание людей, и, прежде всего, наличие прочной связи между промышленностью и наукой », – заключил д-р.
Эльза Гонгора Кастильо.