От копания в саду до рыбалки и игры с червячными фермами в школе – все осознали важность дождевых червей в поддержании экосистем и качества почвы, но мало кто осознает, что многие виды дождевых червей являются инвазивными и могут представлять серьезную угрозу для их новой среды. Еще сложнее отличить одного червя от другого, и с тысячами известных видов по всему миру их дифференциация и определение их таксономии – огромная задача.
Трудности в изучении небольших организмов с мягким телом, а также доступ к ценным и редким музейным образцам могут сделать это практически непреодолимым. Однако исследование, опубликованное сегодня доктором. Роза Фернандес и ее коллеги из Гарвардского университета, а также доктор.
Александр Зиглер из Ziegler Biosolutions предоставляет столь необходимые инструменты для проведения такого анализа неразрушающим способом и в значительно более быстром темпе. Их работа сочетает в себе методы двух- и трехмерной визуализации и показывает, что обычно используемые морфологические признаки для определения таксономии дождевых червей теперь могут быть оценены без необходимости вскрытия. Исследователи смогли просмотреть отложения внутри животного в 3D, а также внутренние органы в контексте друг с другом. Они также сравнили свежие образцы с сохранившимися музейными образцами, датируемыми еще 1945 годом, и показали, что этот метод цифрового изображения подходит для анализа редких музейных образцов.
Помимо выпуска красивых видеороликов с высоким разрешением, позволяющих проводить неразрушающее трехмерное вскрытие дождевых червей в режиме реального времени, авторы сделали доступными исходные и производные данные в полностью открытом формате через репозиторий GigaScience, GigaDB, что позволило исследователям в будущем добывать данные. разработка новых инструментов, а также обеспечение большей прозрачности и уверенности в исследованиях. Ведущие и соответствующие авторы статей д-р. Роза Фернандес и доктор. Александр Зиглер говорит, что они были бы счастливы, если бы их исследование «послужило катализатором для будущих высокопроизводительных исследований зоологических образцов, а также укрепило бы практику принудительного хранения данных в исследованиях биоразнообразия», открывая новые возможности для компьютерных интерактивных исследований и исследований. музейных экспонатов по всему миру.
Открытие доступа к данным особенно уникально, потому что, хотя открытый доступ к вспомогательным данным является нормой в некоторых областях исследований, для сообщества морфологов и таксономистов это встречается гораздо реже и на практике труднее. Такие проблемы вызвали обеспокоенность сообщества тем, что политики депонирования данных, принятые такими журналами, как GigaScience и PLOS ONE, могут быть не в состоянии работать с большими и сложными наборами данных, такими как эти большие стопки файлов изображений.
Таким образом, совместная работа авторов и GigaScience и PLOS ONE по выпуску данных представляет собой важный шаг вперед в обеспечении прозрачности данных с использованием онлайн-базы данных MCZbase и возможностей GigaDB по работе с большими данными. Несмотря на то, что размер некоторых папок был близок к 10 ГБ, рецензенты смогли получить каждую из них всего за полчаса, используя высокоскоростное интернет-соединение GigaDB Aspera.
Доктор.
Сара Фолветтер из Греческого центра морских исследований, которая выступала в качестве рецензента, считает, что уровень доступности данных вводит таксономию в новую эпоху, говоря: «Вместо того, чтобы проходить длительный процесс получения физического образца из музея , Теперь я могу загрузить довольно точное представление из Интернета."
Как сказал британский естествоиспытатель Чарльз Дарвин о скромном дождевом черве в конце 1800-х годов: «Можно сомневаться, есть ли много других животных, которые сыграли такую важную роль в истории мира, как эти низкоорганизованные существа», но сегодня, как они организованы, никогда не было так ясно и так легко видно.