Однако многие из этих методов, такие как полиморфизм длины амплифицированного фрагмента (AFLP), межпростые повторы последовательностей (ISSR) и случайная амплифицированная полиморфная ДНК (RAPD), имеют технические ограничения. К ним относятся проблемы воспроизводимости, неоднозначность в определении гомологии и значительные требования к стоимости и времени для исследователей.
Маркеры последовательного амплифицированного полиморфизма (SRAP) являются многообещающими в качестве альтернативы традиционным маркерам, поскольку они оказались очень вариабельными и менее технически сложными для получения и использования.
Этот недавно разработанный метод доминантного маркера дает фрагменты всего генома и использовался в основном в исследованиях, направленных на развитие сельскохозяйственных культур. В предыдущих исследованиях этот метод использовался для выявления маркеров устойчивости к патогенам и лучшего понимания генетической основы формы и структуры плодов и цветов, а также времени цветения и плодоношения.
В новом исследовании, опубликованном в недавнем выпуске журнала Applications in Plant Sciences, исследователи из Университета штата Огайо представили аргументы в пользу использования этих маркеров в широком спектре областей исследований, включая систематику растений, биогеографию, сохранение и экологию. «Эти маркеры демонстрируют вариативность, полезную для выявления генетической структуры на различных таксономических уровнях, построения карт сцепления и доказали свою ценность для улучшения агрономических культур», – объясняет Дэниел Робартс, ведущий автор исследования.
Робартс и его коллеги изучили сотни опубликованных рецензируемых статей и представили ряд тематических исследований, чтобы дополнительно продемонстрировать применимость этих маркеров в биологии растений. «Мы обнаружили, что маркеры SRAP сопоставимы с маркерами AFLP с точки зрения уровней вариации, но требуют значительно меньших технических усилий и затрат», – говорит Робартс. "Кроме того, эти маркеры обеспечивают высокую воспроизводимость результатов, и никакой предварительной геномной информации не требуется, что делает их идеальными для немодельных систем."
Исследование также предполагает, что эти маркеры будут полезны в сочетании с технологиями секвенирования следующего поколения. Поскольку локусы SRAP происходят из одного прямого праймера и множества обратных праймеров, можно было бы адаптировать методику для обогащения геномных библиотек для секвенирования следующего поколения, обеспечивая эффективный протокол для обнаружения полиморфизмов.
«Хотя эти маркеры в основном использовались для улучшения сельскохозяйственных культур, мы воодушевлены потенциалом маркерного метода SRAP как более широко применимого метода в науках о растениях.
Мы ожидаем, что эти маркеры будут особенно полезны для исследований на уровне популяции, но наши результаты показывают, что они, вероятно, также станут полезным инструментом на более высоких таксономических уровнях », – говорит Робартс.