Первый шаг к заражению коронавирусом – проникновение вируса в клетки. Для этого необходимо изменить положение белков-шипов на внешней стороне вируса SARS-CoV.
Ученым известно положение «неактивного» и «активного» состояний белков спайков вирусов SARS-CoV-1 и -2, но Моради и его коллеги хотели изучить, как спайки перемещаются из одного положения в другое, а также их динамику. этих движений. Они обратились к молекулярному моделированию, выполненному в Техасском вычислительном центре и Питтсбургском суперкомпьютерном центре.
«В ходе этих симуляций мы обнаружили, что SARS-CoV-1 и SARS-CoV-2 имеют совершенно разные способы изменения своей формы и в разных временных масштабах», – говорит Моради. "SARS-CoV-1 движется быстрее, он активируется и деактивируется, что не дает ему времени прилипать к клетке человека, потому что он не такой стабильный.
SARS-CoV-2, с другой стороны, стабилен и готов к атаке », – добавил он.
По словам Моради, есть область в хвостовой части белка-шипа, которая в значительной степени игнорируется в исследованиях, но эта часть важна для стабильности белка. По его словам, мутации в этом регионе могут повлиять на трансмиссимость, и на них стоит обратить внимание. Другое значение для их исследования заключается в том, что «мы могли бы разработать терапию, которая изменяет динамику и делает неактивное состояние более стабильным, тем самым способствуя дезактивации SARS-CoV-2.
Это стратегия, которая еще не принята », – пояснил Моради.
По словам Моради, ценно иметь возможность проводить такие симуляции в случае появления нового коронавируса или мутации SARS-CoV-2, чтобы они могли предсказать, может ли новый вирус или вариант иметь более высокую степень передачи и заражения.
Теперь они начали изучать новый SARS-CoV-2 B.1.1.7 вариантов в лаборатории для обнаружения различий в его движениях.