MEGENA (для многомасштабного сетевого анализа встроенной коэкспрессии генов) проецирует данные экспрессии генов на трехмерную сферу, позволяя ученым изучать иерархические модели организации в сложных сетях, которые характерны для таких заболеваний, как рак, ожирение и болезнь Альцгеймера. Проверенная на данных Атласа генома рака (TCGA), MEGENA выявила новые регуляторные мишени при раке груди и легких, превзойдя другие методы анализа коэкспрессии.
Второй инструмент, SuperExactTest, устанавливает самую первую теоретическую основу для оценки статистической значимости множественных пересечений и позволяет пользователям сравнивать очень большие наборы данных, такие как наборы генов, полученные в результате полногеномных исследований ассоциации (GWAS) и дифференциальной экспрессии. анализ. Ученые провели SuperExactTest на существующих данных TCGA и GWAS, определив основной набор онкологических генов и выявив связанные закономерности среди сложных заболеваний.
Оба инструмента предоставлены Лабораторией моделирования многомасштабных сетей, возглавляемой Бин Чжаном, доктором философии, доцентом кафедры генетики и геномных наук.
«Эти инструменты удовлетворяют важные и неудовлетворенные потребности в геномике», – сказал д-р.
Чжан, старший автор двух статей. «MEGENA поможет ученым конкретизировать новые пути и ключевые цели при сложных заболеваниях, а SuperExactTest обеспечит более четкое понимание генома путем сравнения большого количества сигнатур генов."
«Наша команда занимается созданием высокопроизводительных инструментов анализа и делится этими ресурсами с более широким сообществом специалистов по геномике, чтобы помочь нам всем достичь наилучших возможных результатов», – сказал Эрик Шадт, PhD, Jean C. и Джеймс В. Кристальный профессор геномики в Медицинской школе Икана на горе Синай и директор-основатель Института геномики и многомасштабной биологии Икана. «Эти новые инструменты демонстрируют продуманные и творческие решения вычислительных задач, с которыми сталкиваются ученые всего мира, и я с нетерпением жду возможности увидеть, чего сообщество добьется с их помощью."
MEGENA и SuperExactTest доступны в виде пакетов R в Dr.
Веб-сайт Чжана и CRAN (Комплексная сеть архивов R), репозиторий программного обеспечения с открытым исходным кодом.