Микросателлиты – это генетические маркеры, которые играют все более важную роль в анализе генома растений. Селекционеры могут использовать их для проверки наличия желаемых генов при проведении скрещиваний. Генетики могут использовать их для выявления отношений между людьми и популяциями. Молекулярные биологи могут использовать их для построения карт генома.
Микросателлиты приобрели популярность, потому что их можно легко обнаружить с помощью ПЦР, они многочисленны и широко распространены по всему геному.
"Генетические маркеры – фантастический инструмент для количественной оценки биоразнообразия. Мы до сих пор назвали лишь небольшой процент видов на планете (не говоря уже о подробном их изучении), и предстоит еще много работы, чтобы понять разнообразие жизни на нашей планете », – объясняет Ричард Ходел, докторант. на факультете биологии Университета Флориды.
Исследователи идентифицировали микросателлиты, используя данные о последовательности из проекта One Thousand Plant Transcriptomes Project. Сокращенно называемый 1КП, проект внес значительный вклад в увеличение числа геномов растений, доступных исследовательскому сообществу.
Онлайн-база данных в настоящее время содержит 1334 образца транскриптомов зеленых растений.
«Мы почувствовали, что существует огромный ресурс – проект 1KP, – который можно использовать, чтобы помочь сообществу исследователей растений», – объясняет Ходел.
В этом документе также описывается, как доступные генетические данные, такие как предоставленные проектом 1KP и другими архивами последовательностей, могут быть использованы для целей, выходящих за рамки их первоначального намерения, например, для разработки маркеров.
"Часто первоначальным препятствием для начала проекта является обеспечение финансирования для разработки генетических маркеров, если таковые отсутствуют для интересующей системы исследования.
Наш микроспутниковый ресурс позволит исследователям бесплатно искать локусы, доступные для широкого круга видов."
В сопроводительной статье Ходел и его коллеги сравнили полезность микросателлитов с технологиями секвенирования следующего поколения и новыми технологиями, такими как генотипирование путем секвенирования (GBS) и секвенирование ДНК, связанное с сайтами рестрикции (RAD-Seq). Они обнаружили, что микроспутники более рентабельны для исследовательских проектов с меньшим бюджетом, а также для исследователей с образцами ДНК более низкого качества. Обзор показывает, что микросателлиты могут быть более доступными, чем более новые методы, особенно если локусы уже разработаны.
Статья включает бюджет в приложении, чтобы дать приблизительное представление о том, сколько может стоить определенное исследование.
"Мы написали это для всех, кто начинает исследовательский проект с использованием генетических маркеров. Полагаю, я всегда думал о себе, когда начинал свою докторскую диссертацию и мне нужно было разработать проект. Я пытался вспомнить, какой совет хотел бы услышать, когда начинал диссертационный проект.
При написании этого руководства мы учитывали не только студентов – цель заключалась в том, чтобы дать людям практическое руководство и дать им возможность рассмотреть все возможные варианты », – говорит Ходел.