Секвенирование экзома, которое определяет последовательность белкакодирующая область генома (полный набор генов или генетического материала, присутствующего в клетке или организме), была быстро применена в исследовательских учреждениях, и недавнее повышение точности позволило разработать клиническое секвенирование экзома (CES) для идентификации мутаций у пациентов. с подозрением на генетические заболевания. В начале 2012 года Центр клинической геномики Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе запустил программу CES с целью предоставления более комплексного метода определения молекулярного диагноза для пациентов с предполагаемыми редкими менделевскими расстройствами (генетическое заболевание, проявляющее определенную закономерность. наследственности), которые остались недиагностированными, несмотря на исчерпывающие генетические, биохимические и радиологические исследования.
Исследователи в этом центре представили новый тест, называемый trio-CES, в котором весь экзом пораженного пробанда (впервые идентифицированный человек, страдающий этим расстройством среди других членов семьи) и оба родителя секвенируются, согласно справочной информации в статье.
Хейн Ли, доктор философии.D., из Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе и его коллеги сообщают о результатах клинического секвенирования экзома, проведенного у 814 пациентов с недиагностированными предполагаемыми генетическими состояниями в Центре клинической геномики в период с января 2012 года по август 2014 года.
Клиническое секвенирование экзома проводилось как трио-CES (секвенирование обоих родителей и их пораженного ребенка одновременно) или как пробанд-CES (секвенирование только затронутого индивидуума), когда родительские образцы не были доступны.
В целом, молекулярный диагноз (с причинным вариантом (вариантами), идентифицированным в хорошо установленном клиническом гене) был предоставлен для 213 из 814 общих случаев (26 процентов). Была значительно более высокая молекулярная диагностическая ценность случаев, выполненных как трио-CES (127 из 410 случаев; 31 процент) по сравнению с пробанд-CES (74 из 338 случаев; 22 процента) в общей группе случаев.
В случаях задержки развития у детей (
"В этой выборке пациентов с недиагностированными предполагаемыми генетическими состояниями трио-CES ассоциировалось с более высокой молекулярной диагностической эффективностью, чем пробанд-CES или традиционные методы молекулярной диагностики.
Необходимы дополнительные исследования, призванные подтвердить эти результаты и изучить влияние этого подхода на клинические и экономические результаты. Клинические последствия этих результатов необходимо лучше понять, прежде чем CES должна будет применяться в повседневной практике », – заключают авторы.
От редакции: Секвенирование в масштабе генома в клинической помощи
В сопроводительной редакционной статье Джонатан С. Берг, М.D., Ph.D., из Университета Северной Каролины в Чапел-Хилл, комментирует два исследования JAMA, которые изучали секвенирование экзома.
«В конечном итоге будет важно знать, кому будет полезно клиническое геномное секвенирование, включая роль секвенирования в различных условиях, таких как онкология, пренатальная диагностика, скрининг новорожденных или популяционный скрининг здоровых взрослых. Национальные институты здравоохранения и другие финансирующие агентства поддерживают широкий портфель исследовательских проектов, исследующих эти и другие вопросы о геномной медицине.
В то же время врачи должны разумно подходить к вопросу о том, когда проводить клиническое секвенирование экзома; должны эффективно сообщать о рисках, преимуществах и ограничениях такого тестирования; должны иметь возможность четко сообщать результаты пациентам и их семьям; и следует избегать ненужного обременения пациентов расходами на такое тестирование, если оно не покрывается страховкой. Применение геномного секвенирования в конечном итоге будет способствовать прогрессу в клинической помощи, от молекулярной диагностики до улучшения результатов, но еще многое предстоит узнать, прежде чем его можно будет применять более универсально."