Многочисленные исследователи по всему миру начали использовать инструмент редактирования генов CRISPR как способ исследовать некоторые из самых интригующих вопросов, поднимаемых молекулярной биологией. Ричард Кандасами, доцент Центра исследования молекулярного воспаления (CEMIR) Норвежского научно-технического университета (NTNU), применяет этот инструмент для понимания воспалительных реакций, возникающих при многих заболеваниях.
Используя большие объемы данных, его исследование каждую минуту показывает, что происходит, когда иммунная система реагирует на вирус. Результаты исследования его команды были недавно опубликованы в онлайн-журнале Systems Biology and Applications.
Когда грипп или любой другой вирус поражает организм, он должен молниеносно отреагировать.
«Это не похоже на то, что защитные клетки просто сидят и ждут в каком-то уголке тела, чтобы поглотить вирусы – и бум, обо всем позаботились», – говорит Кандасами.
Кандасами пришел в NTNU по программе стипендий Онсагера, которая предназначена для набора в университет некоторых из самых талантливых молодых исследователей из разных стран. Незадолго до Рождества Кандасами получил щедрый грант исследовательского совета норвежской программы FRIPRO для талантливых молодых исследователей.
Как объясняет Кандасами: «То, что происходит внутри защитных клеток, – это очень всеобъемлющая, пошаговая реакция.
Сигналы отправляются в ядро, чтобы инициировать производство новых белков, которые будут участвовать в воспалительной реакции и которые клетка будет использовать для уничтожения вируса. Все это требует времени. Но даже крошечная химическая модификация белков в клетке также позволяет клетке очень быстро реагировать."
Он и его команда могут очень подробно отобразить эти реакции с момента заражения клетки вирусом. Часто повторяя процесс картирования через несколько часов после заражения, они могут создать подробную карту реакций клетки.
Большинство ученых, работающих над исследованиями CRISPR, либо анализируют один ген за раз, либо анализируют более 20000 генов за раз. Кандасами использует оба подхода.
Он также использует большие вычислительные системы для анализа этого сложного набора данных. Такой подход сочетания современных технологий и поминутного картирования реакций – один из уникальных подходов, которые его исследовательская группа использует для понимания реакций в клетке.