В настоящее время наиболее распространенный способ представления методов в статьях – это очень короткие абзацы или дополнительные загружаемые файлы PDF. Результатом часто является неполная или не поддающаяся обнаружению методология: серьезная проблема с данной методологией является ключом для ученых, чтобы должным образом опираться на научное открытие. Опубликованные сегодня статьи по паразитологии являются первыми двумя исследованиями, демонстрирующими бесшовную интеграцию четких, подробных и полных описаний методологии в процесс подачи и публикации рукописей.
Протоколы.Платформа io позволяет исследователям отправлять свои методы в стандартном формате без ограничений по объему, которые могут быть напрямую связаны с любой статьей, просто через цитируемую ссылку. Их также можно искать в Интернете, и, что еще лучше, их можно версировать, что позволяет адаптировать их для будущей работы.
Это не только дает исследовательскому сообществу легкий доступ к подробным методам, но также означает, что авторам не нужно постоянно переписывать методы для каждой статьи, в которой они используются. Они могут просто цитировать и указывать «рецепт» в протоколах.io.
Кажется уместным, что сложность обеспечения воспроизводимости научных отчетов продемонстрирована в статьях, которые отражают сложность паразитических организмов и, в этих случаях, паразитов, которые требуют множества различных сложных экспериментальных шагов и необычных вычислительных конвейеров для их изучения.
В первом исследовании ученые из Института медицинских исследований Уолтера и Элизы Холл и 4 других австралийских учреждений изучили геном паразита чесотки человека, собранный в отдаленных неблагополучных и коренных сообществах Северной Австралии, где до 25% взрослых и 50% детей ежегодно заражаются чесоткой. Инфекции чесотки связаны с бактериальными кожными инфекциями и ревматической лихорадкой.
Как следствие этого, дети, больные чесоткой, чувствуют себя хуже, и это является одним из факторов, способствующих тому, что коренные австралийцы значительно сократили ожидаемую продолжительность жизни и являются одними из самых высоких показателей ревматической болезни сердца в мире.
До сих пор изучение этого вида было сложной задачей. Поскольку размер составляет доли миллиметра, исследователям нужно было собрать на образец около 1000 клещей, чтобы получить достаточно ДНК для секвенирования следующего поколения. Помимо сложностей, связанных со сбором и объединением клещей, их крошечный размер также означал, что им приходилось иметь дело с загрязнением из содержимого кишечника клеща.
Все эти переменные могут затруднить четкое описание того, как делаются выводы и как можно строить исследования. Ведущий автор Энтони Папенфус, обсуждая проблемы распространения этой работы, заявил: «Написание четких и точных описаний методов влажной лаборатории и биоинформатики – это сложная задача в лучшие времена. Это особенно сложно, когда дизайн сложный и требует итеративного исследовательского анализа с использованием нескольких инструментов.
Это требует большой тщательности и длительной доработки текста. Я думаю, что документирование методов с использованием протоколов.io сделает это намного проще."
Во второй статье исследователи из Institut de Biologie Integrative et des Systemes и Университета 22 Лестера изучали молекулярную биологию паразитического цепня Schistocephalus solidus. Несмотря на S. solidus, служащий символической системой исследований в паразитологии с двухвековыми исследованиями, имеет чрезвычайно сложный жизненный цикл с множеством состояний развития и видов-хозяев (паразитирующие ракообразные, рыбы и птицы).
Как следствие, несмотря на то, что о его морфологии и физиологии хорошо известно, определение того, какие гены используются на каждой стадии инфекции, сравнительно недостаточно. Работа здесь включает воссоздание различных условий хозяина и сбор живых червей из разных жизненных циклов для сбора РНК и создание каталога генов транскриптома.
Первый автор Франсуа-Оливье Эбер объяснил: «Описание такого длительного процесса отбора проб, экспериментальных инфекций в лаборатории с использованием нескольких хостов и, конечно, дополнительных биоинформатических анализов было одной из самых сложных задач в этой статье.«Благодаря новому интегрированному конвейеру публикации данных и методов, помогающему этому, авторы добавили:« Мы смогли добиться этого, сделав все наши самодельные скрипты, программы и наборы данных свободно доступными для общественности через GigaScience, GigaDB и протоколы.io. Они представляют собой важные дополнительные платформы, которые позволили нам уважать наше видение воспроизводимой науки."