«Это первый раз, когда был описан профиль метилирования саркомы Юинга», – объясняет д-р. Оскар Мартинес-Тирадо, ведущий автор исследования.
Метилирование ДНК – это тип эпигенетической модификации, способной контролировать экспрессию генов, то есть он может активировать или деактивировать гены, которые усиливают или блокируют характеристики и процессы у людей, включая развитие опухолей. Используя биоинформатические инструменты, исследовательская группа искала общие элементы, которые позволили им связать набор дифференциально гипометилированных или гиперметилированных генов, обнаруженных в образцах опухолей.
Исследователи идентифицировали группу из 12 генов, связанных со структурой клеточной мембраны; Среди них предшественник белка PTRF особенно привлек их внимание своей связью с кавеолами, небольшими впячиваниями, которые присутствуют в мембране некоторых клеток; группа IDIBELL имеет большой опыт в изучении этих структур и их взаимосвязи с ES.
Команда коррелировала наличие PTRF в образцах от 67 пациентов. «Первоначально мы увидели, что пациенты, у которых экспрессируется PTRF, имеют лучшую выживаемость, поэтому мы можем рассматривать этот белок как потенциальный маркер прогноза заболевания», – заключает Мартинес-Тирадо.
Нормальные клетки с кавеолами экспрессируют как белок PTRF, так и кавеолин-1 (CAV1), другой белок, связанный с образованием кавеол.
Напротив, опухолевые клетки в ES не имеют кавеол и не экспрессируют PTRF. «Это заставило нас задуматься о возможности экзогенного повторного введения гена-предшественника PTRF в исследуемые клеточные линии», – объясняет исследователь. "У тех, кто также экспрессировал CAV1, повторное введение PTRF вызвало образование кавеол. Для опухолевых клеток такая модификация структуры вызывает такой стресс, что разрушает их.«Кроме того, исследователи показали, что образование кавеол в этих клетках активирует известный путь передачи сигнала гибели клеток, которому способствует белок p53.
Современные эпигенетические препараты довольно неспецифичны, но новые инструменты редактирования генома CRISPR могут быть использованы для деметилирования определенных генов из опухолевой клетки в будущем. «Если мы сможем специфически воздействовать на ген промотора PTRF, чтобы белок экспрессировался на нормальном уровне, мы могли бы вызвать гибель клеток, и, следовательно, у нас был бы многообещающий новый персонализированный терапевтический вариант для ES."